臨沭縣疾病預防控制中心于2011年5月在原臨沭縣衛生防疫站基礎上經體制改革后成立，現為衛生健康局所屬正科級公益一類事業單位，掛臨沭縣健康指導中心牌子。承擔著全縣疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與控制、實驗室檢測與評價、健康教育與健康促進和技術指導與應用研究等工作。

中心占地面積5466.5平方米，工作用房4000平方米。擁有原子吸收分光光度計、氣相色譜儀、DR等萬元以上的儀器設備180余臺套，固定資產總額2000余萬元。

中心按照“提升能力建設、創一流疾控”的總體要求，建立了一支政治思想過硬和業務素質良好的專業技術隊伍。中心設編制127人，現有在職人員120人。設有24個科室，建立有較完善的質量控制體系。建有艾滋病篩查實驗室、微生物實驗室、理化實驗室、職業衛生實驗室等專業實驗室。已開展衛生檢測檢驗項目917項。2010年中心實驗室通過了山東省質量技術監督局組織的實驗室認證認可評審。